VARIANT OMICRON :PLUS D’INCERTITUDES QUE DE CERTITUDES

A moins d’être privé de radio, télévision, et de lecture de la presse, il est difficile d’avoir échappé aux annonces de l’émergence d’un nouveau variant du virus SARS-CoV2, le variant omicron. Cette émergence inquiète, à juste titre, et il m’a donc semblé important de faire le point sur les dernières données scientifiques le concernant. Pour cela, j’ai criblé ce jour la presse scientifique via le site bibliographique PubMed.

Omicron est un nouveau variant du virus SARS-CoV2, apparu en Afrique du Sud en novembre 2021 et présent dans (au moins) 57 pays (1). Ce variant est caractérisé par l’existence d’une cinquantaine de mutations de toutes sortes, dont 30 induisent des changements de séquence de la protéine dite Spike (1,2). Cette protéine, située à l’extérieure de la particule virale, permet son entrée dans les cellules humaines. Elle est également la cible de la grande majorité des vaccins utilisés dans le monde en prévention de développement de formes graves de la COViD19.

Trois questions importantes en termes de santé publique se posent : Omicron est-il plus contaminant que l’actuel variant delta ? Omicron risque-t-il d’échapper à la stratégie vaccinale en place ? Et Omicron induit-il des formes plus graves de la maladie ? La réponse à la première question est « possiblement ». Ainsi, au Royaume Uni, la fréquence de « détection » d’Omicron dans les tests PCR augmente rapidement (2). De même, ce variant est de plus en plus souvent détecté dans les événements de contamination de groupe. À Oslo, 19 des 120 personnes contaminées lors d’une fête étaient positives à Omicron, et au Danemark, ce sont 53 des 150 élèves d’un collège qui ont participé à un événement collectif qui ont été testés positifs à Omicron. Comme le dit le Dr. Kristian Andersen, chercheur en maladies infectieuses à Scripps Research « tout cela ne prouve pas [formellement] qu’il est plus transmissible [...] mais puisque Omicron est globalement rare, le fait de le trouver associé à des événements super-contaminants est réellement inquiétant » (2). Cet avis est confirmé par les observations faites aux Royaume-Uni où il apparaît que ce variant se propage plus vite que n’importe quel autre variant connu. Le secrétaire d’État à la santé, M. Sajid Javid, disait d’ailleurs : « nous estimons que le « temps de doublement » de sa détection est de l’ordre de deux jours et demi à trois jours, ce qui signifie qu’à ce rythme, nous pourrions avoir à la fin du mois [de décembre] un million d’infections dans la population du Royaume Uni » (1). Cet avis est cohérent avec les modélisations 3D des protéines et les calculs fait par une approche de type « intelligence artificielle » par un groupe de recherche basé au Michigan, qui suggèrent que le nouveau variant pourrait être jusqu’à 10 fois plus contaminant que le SARS-CoV2 d’origine et 2 fois plus que le variant Delta (3). Ce travail doit cependant être relu par un comité de lecture scientifique et confirmé par d'autres chercheurs. Sur cette question, nous en sommes donc encore à des travaux préliminaires nécessitant validation.

La question principale à ce jour est donc : quels sont les risques d’échappement de ce variant en regard de la stratégie vaccinale en place ? Une première micro-étude portant sur 12 personnes en Afrique du Sud avait montré que l’efficacité du vaccin Pfizer-BioNTech pourrait être réduite, avec un niveau de neutralisation du virus par les anticorps environ 40 fois inférieur à ce qu’il est avec le variant Delta (1). Les travaux du laboratoire Pfizer vont d’ailleurs dans le même sens en révélant une perte d’efficacité de neutralisation de 25 fois environ. Attention toutefois, ces chiffres qui paraissent élevés pour un non-spécialiste ne signifient en aucun cas que la protection vaccinale s’effondrera. Ils disent simplement que l’affinité des anticorps générés par la vaccination est 25 à 40 fois plus faible pour le variant Omicron qu'elle ne l'est pour Delta (3). Une étude très récente confirme l’efficacité de neutralisation réduite des anticorps issus de sérums par rapport au variant delta, de 8 fois et demi environ (4). Mais comme l’organisme produit des « montagnes » d’anticorps, cette réduction d’affinité pourrait se traduire in fine par une faible perte d’efficacité vaccinale. D’autant que la neutralisation du virus s’effectue dans notre organisme par deux voies, la voie humorale (ou circulante), largement dépendante des anticorps produits par les lymphocytes B, et une voie cellulaire mettant en jeu un nombre de réactions complexes et d’interactions entre différents types de lymphocytes. Cette voie, aussi stimulée par la vaccination, jouerait de plus un rôle majeur dans la réponse à l’agression du coronavirus, et donc dans la sévérité des symptômes observés dans le cas de la CoViD19 (5). Cette réduction de l’efficacité des anticorps a été confirmée dans l’étude des chercheurs américains du Michigan, déjà citée, qui suggère que les vaccins pourraient être 2 fois moins efficaces vis à vis du nouveau variant, par rapport au variant Delta. L’inquiétude porte donc sur une perte d’efficacité des vaccins qui activent les deux voies de l’immunité mais aussi sur la perte d’efficacité des traitements anti-CoViD19, à base d’anticorps (3). Quelle est la gravité de la question ? Comme le dit le Dr. Justin Lessler, épidémiologiste à l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill « l’importance du problème ne dépendra que de savoir si les vaccinations et les infections passées protégeront des formes graves de la maladie ». A ce stade, donc pas de certitude.

Reste effectivement la question de la gravité des infections à variant Omicron. Là aussi pas de certitude mais des indications peut-être plus rassurantes. Ainsi, le taux d’occupation des lits en soins intensifs entre le 14 novembre et le 4 décembre 2021 en Afrique du Sud, pays fortement touché par le variant, ressort à 6,3%, ce que l’organisation mondiale de la santé décrit comme un taux « très bas » comparé à ce qu’il était à la même période l’année passée, alors que le pays était en plein pic du variant Delta (1). Dans ce pays on observe, semble-t-il, plus de formes modérées que précédemment, même si, comme le disent les médecins hospitaliers « notre hypothèse de travail reste que les syndromes associés à ce variant sont les mêmes que ceux associés aux autres variant ». Sage précaution, car même si il se confirmait que le variant était moins virulent, le fait qu’il soit plus contaminant, et que plus de personnes soient malades, pourrait quand même conduire à une saturation des services de santé, en particulier en réanimation. Comme le dit le Dr. Mads Albertsen de l’Université d’Aalborg au Danemark, « un faible pourcentage d'un grand nombre reste un grand nombre » (2).

Au delà de cet examen des dernières données de la littérature scientifique, l’émergence de ce nouveau variant remet elle en cause la stratégie vaccinale ? Certainement pas, mais il s’agit là d’un avis personnel fondé néanmoins sur le fait que même réduite, toute protection vaccinale contre la maladie est « bonne à prendre ». De plus, la technologie ARN messager permet d’envisager le développement de vaccins adaptés au nouveau variant dans des délais très raisonnables (une centaine de jours avant essais), et possiblement de multi-vaccins dirigées contre les différents variants viraux, à l’image de ce qui se fait pour la vaccination anti-grippale. Plusieurs entreprises ont d'ailleurs déjà commencé à développer ces vaccins (6). Néanmoins, et il s'agit là toujours d'un avis personnel, la vaccination, si elle nécessaire, n'est pas suffisante à ce stade pour contrôler la pandémie. 

Enfin, et j’y reviendrai dans un autre article, il n’est pas impossible que ce dernier avatar du coronavirus SARS-CoV2 soit un cul de sac évolutif. J’aborderai cette notion et d’autres, si j’en ai le temps, dans un prochain article. Comme je le disais en introduction, aujourd'hui nous avons plus de questions, d’incertitudes, que de certitudes. Raison de plus pour continuer - sans paniquer - à appliquer les gestes simples tels que port du masque dans les rassemblements et endroits clos recevant du public, ventilation des locaux et lavage des mains réguliers.


Références :

1. Elisabeth Mahase. Covid-19: Do vaccines work against omicron—and other questions answered. The British Medical Journal, 10 décembre 2021.
Consultable en ligne :
doi: https://doi.org/10.1136/bmj.n3062

2. Kai Kupferschmidt, Gretchen Vogel. How bad is Omicron? Some clues are emerging, and they’re not encouraging. Science, 7 décembre 2021.
Consultable en ligne :
doi: 10.1126/science.acx9782

3. Jiahui Chen et coll. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv. Preprint, 1er décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8647651/

4. Li Zhang et call. The significant immune escape of pseudotyped SARS-CoV-2 variant Omicron. Emerging Microbes & Infections, 10 décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2021.2017757

5. Carolyn R. Moderbacher et coll. Antigen-specific adaptive immunity to SARS-CoV-2 in acute COVID-19 and associations with age and disease severity. Cell, 12 novembre 2020.
Consultable en ligne :
https://urlz.fr/gYnN

6. Elie Dolgin. Omicron is supercharging the COVID vaccine booster debate. Nature, 2 décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.nature.com/articles/d41586-021-03592-2


Crédit illustration :

Ana Kova.
Nature. Référence 6, ci-dessus.