50 000 LECTURES !

Un très court article pour annoncer aux lecteurs du blog que ce dernier vient de franchir le cap des 50 000 lectures. C’est bien sur satisfaisant d’autant que ce blog semble faire l’objet d’une censure sur certains des réseaux dits sociaux locaux…

Après quelques semaines d’essais, j’ai ouvert ce blog à l'occasion de mon départ à la retraite, en septembre 2020. Les objectifs étaient de pouvoir m’exprimer sur des sujets aussi divers que la politique locale et nationale, la sociologie et dans une moindre mesure, autour de sujet à coloration scientifique. L’agrégation de ce sujets qui en premier lieu m’intéressent, est venue naturellement. Nous étions deux ans après l’élection du nouveau Président de la République, M. Emmanuel Macron, dont les représentants élus de son parti, présents en masse à l’Assemblée Nationale, avaient décidé de priver celle-ci de ses prérogatives. Ils avaient en effet à l’époque autorisé l’exécutif à procéder par ordonnance pour poursuivre et amplifier la régression sociale engagée sous la présidence de M. François Hollande. Au plan local, une nouvelle majorité avait été élue, suite à la division de la précédente équipe municipale. Or, le comportement de nombre des membres de cette nouvelle municipalité, lors de la pénible affaire des migrants installés à Forges, ne laissait rien présager de bon. J’espérais pourtant qu’une fois aux affaires, un certain sens de l’intérêt général et une ouverture d’esprit auraient pu se faire jour. Je me suis trompé, et la suite de ce mandat a montré toute les capacités d’enfermement, de repli, d’entre-soi, mâtiné de mépris de classe dont la nouvelle majorité fait preuve. Elle masque sous une communication très affutée ses errements, son non-respect de certaines lois, quitte à émettre en privé ou en public des contre-vérités. Le vernis se craquèle de plus en plus, cependant, et le blog est là pour exposer les miasmes qui émanent de nombre d’actions de cette équipe municipale, voire de ses proches. Enfin, nous étions entrés en phase CoViD-19, et déjà beaucoup de rumeurs, de fausses nouvelles, voire de mensonges circulaient autour de cette épidémie… Il me semblait qu’en qualité d’ancien chercheur payé par de l’argent public, je devais au public quelques explications aussi honnêtes que possibles sur « le mal qui nous frappait ».

Un peu moins de trois ans, plus tard, le blog a donc franchi le cap des 50 000 lectures, ce que je trouve satisfaisant évidemment sur le plan de l’égo, mais surtout parce que je pense qu’il remplit au moins en partie ses objectifs. Je disais en introduction qu’il fait l’objet d’une censure sur les réseaux dits sociaux locaux. Ces informations m’ont été communiquées par plusieurs lecteurs très à l'aise avec ces réseaux, et qui ont souhaité y relayer des articles du blog en accord avec la politique de publication de ces réseaux. Sont concernés deux réseaux du groupe Facebook. Après que certains articles aient été effectivement publiés, un des réseaux a alors interdit toute publication politique ! Visiblement ceci doit être entendu au sens large car même des articles de sociologie sont considérés comme politiques. Une des responsables du réseau est une élue de Forges. L’autre réseau est lui géré de façon totalement opaque. Un seul responsable est identifié, mais toute opinion défavorable à l‘actuelle majorité y est bannie. Ne sont autorisés, semble-t-il, que les félicitations ou les auto-congratulations des élus municipaux et de leurs proches ! Ceci suggère qu’il est probablement géré par d’autres proches de l’actuelle municipalité, dont le courage se limite à se planquer derrière des pseudonymes ! En lien, ce même réseau n’hésitait pas, toujours d’après mes lecteurs, à propager des mensonges de façon régulière sur la précédente municipalité à laquelle j’appartenais. Quand on connaît la propension de ces réseaux à diffuser des fausses nouvelles, cela n’a rien d’étonnant... Au delà de ces arguties, je me demande au plan philosophique, ce qui peut justifier qu’une seule ou deux personnes décident de ce qui est bon ou non à lire pour des dizaines ou des centaines d’autres. Curieuse interprétation de la liberté d’expression en tous cas, et étrange conception de la démocratie…

Quelques chiffres complémentaires, pour une vision plus claire du blog. Les articles les plus lus sont ceux concernant notre commune, et tout particulièrement ceux traitant des problèmes récurrents au niveau des écoles. Le « top 3 » des articles regroupent « des problèmes au périscolaire » avec 605 lectures, « projets communaux : réouverture de la boulangerie » (que je mettrai à jour prochainement) avec 628 lectures et « si vous pensez que l’éducation coûte trop cher, essayez l’ignorance ! » avec 728 lectures. En moyenne, le blog est lu 1 200 fois par mois (minimum 640 lectures, maximum 7250 lectures). Ceci correspond à une moyenne journalière de 40 lectures. Au cours de la dernière année, les consultations journalières se sont réparties entre 3 lectures (au premier mai 2023) et 321 lectures (à la mi-juin 2023).

Au total, ce sont 235 articles publiés. Chacun est donc lu, en moyenne là aussi, 200 fois. Sachez que je ne publie pas toutes les informations dont je dispose, car bien que persuadé de l’exactitude de certaines d’entre elles, je manque parfois de preuves permettant de les étayer. J’ai, pour d’autres évènements, des preuves concrètes de certains comportements lamentables, dans cette commune ou dans des communes alentours, mais je laisse aux premiers intéressés le soin, en temps voulu, de déposer une main-courante ou une plainte auprès des services compétents…

Au total les articles ont généré environ 190 commentaires. Chaque article est « commentable » ; je me contente de modérer les commentaires pour éliminer ceux qui sont porteurs d’insultes (pas à mon endroit, mais à l’encontre d’élus de notre commune ou de la CCPL), les attaques ad hominem (car mes critiques parfois vives vont aux personnes non pas en tant qu’individus mais en regard de leurs fonctions), ainsi que les commentaires possiblement diffamatoires. Pour déposer un commentaire, le lecteur dispose d’une boite de dialogue sous chacun des articles. Ces 235 articles me demandent du temps d’investigation même si souvent ce sont des Forgeois, proches ou non des services, ou des fins connaisseurs des communes voisines qui m’informent des évènements de politique locale. Un article scientifique peut me demander 1 à 2 heures de travail, parfois plus ; un article de politique générale, parfois une demi-journée, surtout pour collecter et lire les références citées.

Merci donc aux lecteurs du blog. Sincèrement, je ne pensais pas que nous arriverions un jour à cela... Le fait que ce blog soit lu, est une reconnaissance du travail fait. Je continuerai bien sur cet effort rédactionnel pour les raisons que j’ai évoquées plus haut, et pour celles que j’ai également décrites dans mon premier article intitulé « un blog, pourquoi faire ? ». En particulier, je suis persuadé de la nécessité de réfléchir au-delà du simple buzz, des 240 signes permis par certains, et des invectives que transportent les réseaux dits sociaux. Également, j’adhère totalement au motto « penser globalement, agir localement », ce que je tente de mettre en application à mon échelle, au travers du blog et de mon engagement dans la vie associative et citoyenne. Et vu les situations politiques globale et locale, il n’y a aucune raison pour que cela cesse, bien au contraire !

 

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http://www.morrissette.fr/2014/11/26/50-000-mercis/

VARIOLE DU SINGE :C'EST GRAVE, DOCTEUR ?

La presse papier, la radio et la télévision, ainsi que les réseaux internet, se font les échos d'une « épidémie » de variole du singe, et certains articles m'ont paru outrageusement alarmistes, eu égard à ce qui est connu de cette maladie. Une petite mise au point s'impose.

La variole du singe est une maladie provoquée par un virus de la famille des Poxviridae, et plus précisément du genre Orthopoxvirus, qui regroupe plusieurs pathogènes connus comme le virus de la variole ou celui de la vaccine. La vaccine est une maladie qui touche les bovins essentiellement, transmissible à l'homme, chez lequel elle entraîne des symptômes atténués par rapport à la variole, essentiellement l'apparition de fièvre, fatigue et pustules (ou vésicules) sur la peau. Très tôt, le médecin britannique Jenner réalise que l'on pouvait protéger les humains de la variole en leur inoculant des vésicules de vaccine. Le nom de la maladie est depuis devenu celui du procédé : la vaccination. Ce procédé à permis depuis l'éradication totale de la variole et il constitue sans doute l'un des exemples les plus probants de l'efficacité de la technique.

La variole du singe est également transmissible à l'homme où elle entraîne aussi, en général, des symptômes très atténués par rapport à ceux de la variole, dont je rappelle qu'elle était associée à un taux de mortalité de 'ordre de 20 à 40% des cas ! La transmission du virus se fait essentiellement d'un animal contaminé à l'Homme. Il s'agit donc, comme pour la CoViD, d'une zoonose. Le singe n'est d'ailleurs probablement pas le réservoir principal du virus. Ce dernier serait plutôt à rechercher parmi les rongeurs. Dans la nature,le virus n'a d'ailleurs été isolé que du singe ou de l'écureuil d'Afrique. La transmission entre humains est possible. Elle peut se faire par voie aérosol à très courte distance, et par contact, particulièrement avec les fluides corporels, ou les vêtements des personnes contaminées. La plupart du temps, les symptômes de la variole du singe chez l'homme commencent par une fièvre modérée, des maux de tête, de la fatigue, puis se poursuivent par une inflammation des ganglions lymphatiques, et enfin par l'apparition de pustules sur le corps qui peuvent parfois être douloureuses. Ces symptômes dépendent de l'état du patient et de son statut vaccinal. Les personnes vaccinées contre la variole, et qui ont effectué les rappels, sont en général protégées d'une infection sévère par le virus de la variole du singe. La maladie peut cependant être grave chez les personnes immunodéprimées (1).

Devant ce tableau relativement peu inquiétant, on peut se demander pourquoi tout ce bruit autour de cette maladie. Une des réponses pourrait être que la variole et son virus, bien qu'éradiqués, restent sur la liste des pathologies et micro-organismes « utilisables » à des fins de bioterrorisme. Encore faut-il pourvoir s'en procurer ! Il existait officiellement, voilà une vingtaine d'années, deux sites de références où le virus était conservé : le Center for Disease Control (CDC) à Atlanta, Etats-Unis, et le Centre Nationale de Recherche en Virologie et Biotechnologie russe de Koltsovo, ville située en Sibérie, proche de Novosibirsk. En réalité, des lots pourraient aussi avoir été oubliés dans les congélateurs d'autres instituts, comme cela a été le cas à Bethesda, dans le Maryland,, où des préparations virales ont été retrouvées dans un laboratoire de la Food and Drug Administration (FDA), voila 7 ou 8 ans. Mais comme je l'écrivais plus haut, la variole du singe, elle, ne présente pas la dangerosité de la variole. Des traitements sont d'ailleurs disponibles, au delà des traitements à visée d'allégement des symptômes ; il s'agit d'antiviraux déjà approuvés en usage thérapeutique. L'un d'entre eux, le Tecnovirimat, a récemment été utilisé avec succès au Royaume-Uni sur un patient. L'article a été publié le 24 mai dans The Lancet - Infectious Diseases (2). Il reste bien sur à étendre cette étude à davantage de patients pour en vérifier les résultats. La vaccination mettant en œuvre le vaccin contre la variole est également efficace car il confère, en raison de la proximité génétique des virus, une immunité croisée avec la variole du singe. Les personnes âgées de plus de 60 ans ont bénéficié de cette vaccination, et on peut considérer que cette population habituellement « à risque » est donc plutôt protégée. La vaccination est aussi systématiquement proposée aux personnes, cas contact des malades actuels. À noter : on utilise pour cela des vaccins dits de troisième génération, beaucoup plus surs que les vaccins qui ont été utilisés précédemment (première et seconde générations) qui pouvaient entraîner, très rarement, des complications vaccinales sérieuses de type encéphalite ou pathologie cardiaque. Sans que cela soit vérifiable, car ce chiffre est une donnée classifiée, on estime que le nombre de doses de vaccin antivariolique en France est au moins équivalent au nombre de Françaises et Français, soit plus de 70 millions, permettant de répondre rapidement en cas d'attaque terroriste par une primo injection. 

Ce qui surprend dans l'apparition des cas de variole du singe, c'est le fait que l'émergence se fait dans plusieurs pays « en même temps ou presque ». C'est aussi et surtout que certaines des personnes malades ne se sont pas rendues récemment dans des zones où la maladie est endémique, ou n'ont pas eu de contact avec des personnes revenant des ces régions. La zone d'endémisme se situe en Afrique, essentiellement au Nigeria, Cameroun, République Centrafricaine, République Démocratique du Congo (RDC), mais également au Bénin, Gabon, Côte d'Ivoire, Liberia, Sierra Leone, et Sud-Soudan. En RDC, l'OMS comptabilisait début mai plus de 1 200 cas de variole du singe depuis début 2022, avec un nombre cumulé de décès de 57, soit un taux de mortalité de l'ordre de 5 % (3). Hors zones endémiques, des cas de variole du singe ont été rapportés dans plus de 20 pays, essentiellement en Europe mais également aux États-Unis, au Canada, en Israël et aux États Arabes Unis. En Europe, le nombre de cas confirmés était de 118 au 25 mai 2022, la grande majorité au Portugal et en Espagne (88 cas pour ces deux pays; 4). Dans la plupart des cas, la transmission s'est faite par voie sexuelle. Le même schéma épidémiologique impliquant une contamination par voie sexuelle se retrouve aux Etats-Unis. A ce jour, l'origine de l'infection n'est donc pas tracée.

Au regard de ces données, il n'y a cependant pas de raison de paniquer. Certes, il est pour le moment impossible de dire comment évoluera la maladie. Celle-ci reste de toutes façons largement traitable, tout au moins en Europe. D'ailleurs, sur la centaine de cas rapportés dans l'UE, aucun décès n'a été enregistré. Les agences de santé internationales (CDC, OMS, ECDC) n'ont pas lancé de mise en garde de grande échelle, même si le CDC est en alerte de niveau 2 (« mesures de protection renforcées ») pour les séjours en zones endémiques.

Il reste néanmoins nécessaire de remonter l'origine des clusters de contamination en zone non-endémique. Une source possible existe, et elle a d'ailleurs été à l'origine d'une « mini-épidémie » de variole du singe en 2003 aux États-Unis. À l'époque, des écureuils et des rats de Gambie avaient été importés d'Afrique aux États-Unis, et certains étaient porteurs du virus qui a ensuite infecté des chiens de prairie. Or ces petits animaux faisaient à l'époque l'objet d'une vogue certaine en tant qu’animaux de compagnie. Ils ont dans de rares cas pu ainsi infecter l'Homme (5). Des campagnes de dépistage, des investigations épidémiologiques et les traitements subséquents ont permis de circonscrire très rapidement la maladie aux Etats-Unis, mais on ne peut exclure qu'un schéma identique puisse en partie expliquer l'émergence de cette maladie en Europe. Il reste également nécessaire d'obtenir les séquences de l'ADN viral pour pouvoir la comparer à celle des virus de variole du singe précédemment isolés, et rechercher de possibles mutations susceptibles d'expliquer une contagiosité plus élevée ou une modification du spectre d'hôtes potentiels. Ces travaux sont sans aucun doute déjà en cours, mais il n'en n'est pas encore fait état dans les publications scientifiques. Lorsque ces données seront disponibles, nous y verrons plus clair dans les raisons de cette réémergence de la maladie en zones non endémiques. En attendant, d'autres cas se déclareront mais sans que cela ne puisse, à ce jour, indiquer que nous serions au début d'une nouvelle épidémie comparable à celle de la CoViD, toujours présente.

Note ajoutée le 15 juin 2022 :

Le nombre de cas, hors zone endémique, se situe ce jour autour de 1300. Aucun décès n'a été signalé. En France, la quasi totalité des cas (autour de 130) sont des hommes, et l'on note une forte corrélation entre contamination et relations sexuelles. La variole du singe n'est cependant pas jusqu'à présent une maladie reconnue comme une MST.  


Références :

1. Marlyn Moore et Farah Zahra. Monkeypox. StatPearls Publishing. Dernière mise à jour 22 mai 2022.
Consultable en ligne :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK574519/

2. Hugh Adler et coll. Clinical features and management of human monkeypox: a retrospective observational study in the UK. The Lancet - Infectious diseases.
DOI: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(22)00353-X
Mai 2022.

3. Donnée de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS/WHO).
Consultable en ligne :
https://www.who.int/emergencies/disease-outbreak-news/item/2022-DON385

4. Donnée du Centre Européen de Contrôle et la Prévention des Maladies (ECDC).
Consultable en ligne :
https://www.ecdc.europa.eu/en/news-events/epidemiological-update-monkeypox-multi-country-outbreak#:~:text=A%20multi%2Dcountry%20outbreak%20of,sex%20with%20men%20(MSM).

5. A.-J. Georges, T.Matton, M.-C. Courbot-Georges. Le monkey-pox, un paradigme de maladie émergente puis réémergente. Médecine et Maladies Infectieuses 34, 12-19. Janvier 2004.


Crédit illustration :

Incidence de la maladie hors zone endémique au 25 mai.
Modifié d'après la source ECDC -Voir Ref.4.

25 000 LECTURES !

Ce blog franchit une nouvelle étape en termes de visibilité puisqu’il a passé hier les 25 000 lectures. Ceci ne signifie pas 25 000 lecteurs car la majeure partie du lectorat est constituée de personnes qui reviennent sur le blog. Il existe cependant quelques points qui méritent analyse.

Premier point d’intérêt : le blog ayant été véritablement lancé en septembre 2020, la moyenne des lectures mensuelles ressort à 1390 lectures, et la médiane à 1485. Ce qui signifie que grosso modo, un mois sur deux, plus de 1485 lecteurs lisent le blog. Un mois creux, ce sont mille lectures, un mois plein, jusqu’à 2400. Les « geeks » seront peut être intéressés de savoir que 60% des lectures se font sur téléphone portable (60 à 65% de ces portables étant dotés d’un système d’exploitation Android). Toujours pour nos amis geeks, les lectures sur ordinateur se font à 80% sur des systèmes équipés d’OS Windows, 12 % d’OS Mac, le reste des machines opérant sous Linux ou Unix. La moitié des connectés utilisent le navigateur Chrome. Viennent ensuite les navigateurs Safari et Firefox.

Moins anecdotique, je connais les pays d’origine des lecteurs, en assumant que ces derniers n’utilisent pas de VPN. Plus de 94 % des connexions proviennent bien sur de France. Je sais également que le référenceur principal est « google ». Cependant, je précise pour ceux qui craindraient pour leur vie privée que je ne vois pas les adresses IP de connexion. Tout cela pour dire aux lecteurs que je ne peux pas savoir qui parcourt le blog, ni combien de personnes sont des lecteurs uniques, sauf si ces personnes me font des retours oraux ou par mail ou téléphone. C’est très bien ainsi ! 

En termes de publications, j’ai produit 148 articles (si j’excepte celui-ci et le premier mois d’existence du blog). Ceci correspond à un volume de 6 à 11 articles mensuels, soit en moyenne 8 articles par mois, soit un article tous les 4 jours environ. Il me faut entre 1h30 et 4 heures par article, là aussi en moyenne, en raison du temps lié à la recherche des informations et des sources. Animer ce blog représente donc un effort personnel non négligeable.

En termes statistiques, les 3 articles les plus lus depuis l’ouverture du blog sont les suivants. En n°3, « Les étranges certificats demandés par la mairie aux parents d’élèves », puis n°2 « Projets communaux 2. Vers une réouverture de la boulangerie ? » et au premier rang « Si vous pensez que l’éducation coûte trop cher, essayez l’ignorance ! ». Tout trois ont allègrement franchi la barre des 500 lectures. En tout, une dizaine d’articles ont rassemblé plus de 200 lecteurs, et parfois plus de 300. Parmi ceux-ci, se trouvent l’article sur les élections à la CCPL, celui sur les étranges ressemblances entre Forges et des municipalités« frontistes », et « Désigné volontaire ! » qui présentait le surréaliste « cadre de partenariat » que la commune a tenté d’imposer aux associations.

Il ressort de ce qui précède que les articles les plus lus sont les articles traitant de problèmes ou d’événements locaux. Les articles de politique nationale sont moins lus, entre 30 et 70 selon les thèmes. Il en va de même pour les articles à coloration scientifique, de 30 à 120 lectures. Je continuerai néanmoins à publier ces deux catégories d’articles. Dans un cas, ces articles me permettent d’exercer ma liberté d’expression. Dans l’autre cas, ces articles constituent des efforts de vulgarisation scientifique à destination du grand public. Je n’oublie pas que même à la retraite, je reste payé par de « l’argent public ». Ces articles constituent donc une modeste contribution en retour vis à vis de la société. J’envisage cependant de simplifier les catégories en en réduisant le nombre. Cela demandera un peu de travail autour de la structuration du blog, ce que j’entreprendrai au cours de ce premier trimestre 2022.

Deux derniers points. Primo, je redis ici que je n’ai pas de lien avec la presse papier. Les articles du Républicain concernant de fâcheux événements communaux ne me sont pas attribuables. Secundo, je confirme ne pas avoir d’ambition électorale locale. J’ai laissé tomber mes mandats communaux et ne compte pas y revenir dans un avenir de moyen ou de long terme, considérant qu’à 65 ans, je ne représente pas l’avenir de la commune. Je reste néanmoins très attaché à son fonctionnement, parce que, comme individu et pendant une grosse douzaine d’années, j’y ai passé beaucoup de temps et laissé beaucoup d’énergie, ce que je continue à faire à plus petite vitesse. Cela a permis de faire sortir de terre nombre de projets et de réalisations structurantes dont la communauté bénéficie aujourd’hui, mais aussi de développer et participer à une vie locale, associative ou non, riche et diverse. Or, je considère que l’équipe majoritaire actuelle ne suit pas ce chemin. Elle poursuit en effet un autre agenda, contraire, à mon avis, à l'intérêt général. Il est fait d’étroitesse et d’enfermement intellectuel et social plutôt que d’ouverture - ce que j’appelle l’entre-soi - le tout mâtiné d’un certain mépris (pour ne pas dire mépris certain) pour les initiatives citoyennes. Et je ne parle pas de la réputation de la commune auprès des communes voisines, au sein des syndicats intercommunaux par exemple, réputation qui a beaucoup souffert en un an et demi de mandat ! Or, la communication officielle biaisée autour de problèmes que les élus majoritaires ont, très souvent, eux-mêmes créés peut suffire à masquer cette situation. Une des finalités du blog est donc de remettre quelque peu les pendules à l’heure, à mon niveau, avec mes moyens et hors réseaux sociaux. « Je maintiendrai » (pour reprendre la devise des Pays-Bas) cette démarche tant que l’état d’esprit des édiles majoritaires n’aura pas évolué.

Pour terminer, merci aux lectrices, lecteurs et pour leurs commentaires. Sachez que j’ai publié plus de 95 % de ces derniers, la modération m’ayant conduit à retirer 3 interventions seulement car je les trouvais non porteuses d’éléments de débat, et inutilement agressives, non pas vis à vis de moi, mais de personnes citées dans le blog. Les commentaires font vivre le blog, intellectuellement s’entend. N’hésitez donc pas à apporter votre contribution surtout si cet avis, cette critique est constructive. Prochain point d’étape à 50 000 lectures !

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https://whc.ca/blog/whc-continue-de-grandir-25-000-clients-et-comptage/

 

DES RÉVOLUTIONS SILENCIEUSES EN BIOLOGIE

Au cours des 40 dernières années, la biologie - et particulièrement la biologie moléculaire - ont connu un essor exceptionnel. Ceci est dû à une meilleure connaissance des mécanismes biologiques, à l’amélioration des techniques expérimentales, mais également au développement d’une science particulière : la bioinformatique. Cette science nouvelle combine des approches statistique et comparative de données biologiques, la puissance de calcul des ordinateurs permettant le traitement simultané d’un très grand nombre de ces données.

Le premier domaine dans lequel la bioinformatique s’est illustrée dès la fin des années 80 est l’analyse des génomes des êtres vivants. Ces génomes sont constitués très majoritairement d’ADN, les exceptions à cette règle étant, entre autres, les virus à ARN. Un brin d’ADN est constitué de la succession de 4 molécules appelées bases nucléotidiques, symbolisées par les lettres A, T, G, C. La structure en double hélice provient de l’association d’un brin d’ADN avec un second brin, copie miroir du premier, permettant à une base A d’un brin de faire toujours face à une base T de l’autre brin. De même, une base C fait toujours face à une base G (voir illustration ci-dessus). Le génome d’un virus à ADN tel que celui responsable de la varicelle et du zona contient environ 120 000 paires de bases, celui d’une bactérie en moyenne 5 millions de paires de bases, celui de l’homme quelques 3,2 milliards de paires de bases, et les génomes les plus complexes, ceux des plantes, pourraient contenir jusqu’à 150 milliards de paires de bases. On comprend aisément, devant ces chiffres, qu’aucun traitement humain de ces données n’est possible. Dans ce domaine, ce sont les ordinateurs qui « font le job ». Pour donner au lecteur une idée de la vitesse de calcul des machines actuelles, je prends le cas de la comparaison d’une séquence d’ADN de 1 000 paires de bases issue d’une bactérie X avec les séquences des quelques 225 milliards de paires de bases disponibles dans les serveurs, dont certains sont situés à l’autre bout de la planète. Entre l’envoi de la séquence de 1 000 paires de base à partir de mon ordinateur de bureau, le traitement de la comparaison au niveau des serveurs, et le renvoi des résultats vers mon PC, il peut se passer seulement… 15 secondes alors que la vie d’un homme dédiée à cette tâche unique n'y aurait pas suffi ! Cet exemple explique bien comment la bioinformatique a pu révolutionner la génomique, mais également, au-delà, les sciences de l’évolution, ou, plus parlant aujourd’hui, l’épidémiologie. C’est effectivement parce que nous sommes en capacité de séquencer, puis comparer plus rapidement les génomes que nous pouvons facilement détecter l’apparition d’un nouveau variant du virus SARS-CoV2.

L’apport de la bioinformatique à la biologie ne se limite pas à l’analyse des génomes. Cette discipline a également permis des progrès fantastiques en biologie structurale. Pour expliquer cela, j’ai besoin de revenir à nouveau à quelques données fondamentales. Les génomes regroupent l’ensemble des gènes d’un individu. Ces gènes sont des séquences d’ADN de plus ou moins grande taille. La plupart des gènes sont lus ou lisibles par la machinerie cellulaire, qui transcrit puis traduit la séquence ADN via l’ARN messager, en séquence protéique. Les protéines jouent des rôles fondamentaux dans les cellules, assurant des fonctions très diverses, telles que, liste non limitative, la réplication de l’ADN et sa lecture, la signalisation hormonale, ou le métabolisme cellulaire puisque l’ensemble des enzymes assurant la transformation d’un produit A en produit B sont des protéines. Toutes ces protéines sont constituées d’un enchaînement de plus petites molécules appelées acides aminés. Il existe en tout et pour tout vingt acides aminés protéiques. Si certaines structures protéiques comme les hormones peuvent être de petite taille, la plupart des protéines sont des molécules de grande taille, constituées de l’enchaînement de plusieurs dizaines, et le plus souvent de plusieurs centaines de ces 20 acides aminés de base, formant une sorte de « collier de perles », de « ruban » moléculaire (voir illustration ci-dessous). L’une des découvertes majeures de la biologie moléculaire a été l’identification du code génétique qui permet, à partir de la séquence d’ADN d’un gène, de déduire avec certitude la séquence de la protéine synthétisée par la cellule. En parallèle du développement des bases de données contenant des séquences ADN, d’autres bases se sont constituées contenant des séquences de protéines dont la comparaison peut également être effectuée par bioinformatique. il est possible de déterminer la fonction d’une protéine par comparaison avec celles de protéines semblables. Il restait cependant un obstacle majeur à l’exploitation des données des séquences protéiques : que peut-on dire de la fonction d’une protéine qui ne ressemble à aucune protéine contenue dans les bases de données ? Une des façons de répondre à cette question est de déterminer la structure dans l’espace (structure dite 3D ou tridimensionnelle) de la protéine et de comparer ces structures 3D avec d’autres. Malheureusement, jusqu’à très récemment, cela était impossible. On ne pouvait, à partir de la séquence d'acides aminés, déterminer la structure 3D ! Tout au plus pouvait-on prédire avec une bonne probabilité de réussite, des éléments des structures locales de la protéine, dites structures secondaires (telles les zones en forme de ressort visibles sur le schéma ci-dessous, appelées hélices alpha).

            Protéine représentée sous forme de "ruban" constitué de
        l'enchaînement des acides aminés (non figurés individuellement)

Le verrou de l’impossibilité de prédiction des structures 3D des protéines a sauté, là aussi grâce à la bioinformatique et au développement de l’intelligence artificielle (IA). Le programme IA « DeepMind » de la société Google a été mis à profit pour développer le logiciel Alphafold. Au moyen d’un processus d’apprentissage progressif des données génétiques et de la structure de protéines, la première version du logiciel prédisait la distance séparant 2 acides aminés d’une protéine. Par itérations successives, la première version du logiciel pouvait alors proposer un ou plusieurs modèles consensuels, de ce que à quoi la protéine pouvait ressembler. La précision obtenue n’étant pas encore suffisante, les chercheurs ont alors eu recours à un réseau d’ordinateurs pour incorporer au système d’intelligence artificielle des informations sur les contraintes physiques et géométriques qui déterminent la façon dont une protéine se replie. Ils lui ont également confié une tâche plus complexe : au lieu de seulement s’intéresser aux seules relations entre acides aminés voisins, le réseau devait identifier les relations spatiales entre acides aminés pour des protéines de structures connues. Au final, le programme Alphafold2 et le réseau IA ont pu proposer dès 2020 la structure 3D de plusieurs protéines dont seule la séquence d’acides aminés était connue. Pour certaines de ces séquences, lorsque la structure réelle a été obtenue, il s'est avéré que la prédiction était exacte à une distance atomique près, ce qui est absolument remarquable (voir ci-dessous).

              Comparaison des structures de 2 protéines différentes

                 Structure réelle en vert, structure prédite en bleu 

Tout aussi remarquable est le développement par des chercheurs de l’université de l’État de Washington à Seattle, d’un autre logiciel, RoseTTAFold. Ce dernier, s’appuyant également sur des processus d’apprentissage et d’intelligence artificielle, permet depuis juillet 2021 de prédire la structure de protéines isolées, comme le fait Alphafold2, mais également celle de protéines associées à d’autres molécules. Cette dernière avancée est critique car la plupart des protéines interagissent, soit avec d’autres protéines, soit avec de petites molécules dont elles peuvent être le récepteur, ou qu’elles transforment dans le cas où ces protéines seraient des enzymes. Or bon nombre des protéines réceptrices ou enzymatiques sont la cible de molécules à visée thérapeutique, qui réduisent ou augmentent l’affinité de ces protéines pour les petites molécules naturelles dont elles sont le récepteur ou qu’elles transforment. Au-delà de la compréhension accrue de mécanismes fondamentaux en biologie, il est évident que la possibilité maintenant offerte par la bioinformatique de prédire très finement la structure d’une protéine en association avec sa molécule cible accélérera considérablement le développement de nouveaux médicaments. L’efficacité de ces nouvelles molécules pourrait ainsi être plus facilement et plus rapidement testée non plus chez l’animal en première intention, mais dans des modèles informatiques, par des approches dites in silico (dans le silicium, c'est à dire au moyen de l'ordinateur). On pourrait également envisager sur un plus long terme de tester, là aussi in silico, les effets potentiels de ces nouvelles molécules sur des protéines non-cibles* dans l’organisme auquel elles sont destinées. Cela permettra d’identifier les interactions - donc les effets - indésirables potentiels de ces nouveaux médicaments.

Le développement de ces nouveaux programmes constitue une véritable révolution silencieuse en biologie, qui a permis de résoudre la question du repliement des protéines, un problème vieux de plus de 60 ans. Il est à noter que ces deux programmes, comme leurs codes-sources, ont été mis gratuitement à disposition de la communauté scientifique qui peut en disposer librement.

*protéines non-cibles : protéines qui ne sont pas celles visées par les nouvelles molécules. 


Crédit illustrations :

De haut en bas :

https://svtlycs.blogspot.com/2020/02/sructure-et-composition-chimique-de.html

https://fr.wikipedia.org/wiki/Mod%C3%A8le_ruban
https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology

LES ÉTRANGES CERTIFICATS DEMANDÉS PAR LA MAIRIE AUX PARENTS D’ÉLÈVES

En raison de l’épidémie de CoViD-19, et de l’absence d’un certain nombre des personnels municipaux, la mairie a réduit le service de restauration. Elle vient aussi de demander aux parents d’élèves qui télé-travaillent de ne pas déposer leur(s) enfant(s) au périscolaire le matin, et de venir récupérer leur progéniture juste après les cours. L’accès au périscolaire serait alors réservé aux seuls parents pouvant produire une attestation de « non recours au télétravail » de l’employeur.

Loin de moi l’idée d’attribuer à l’actuelle municipalité la situation sanitaire globale. Il faut faire juste avec. Certes, mais il faut aussi rester dans la légalité, et j’ai de gros doutes sur la façon dont la commune gère l’accès aux services périscolaires en cette période difficile. J’ai donc pris contact avec deux juristes spécialisées en droit du travail pour obtenir leurs avis éclairés sur la question. Je précise que l’une est juge dans un tribunal de commerce et l’autre préside un tribunal de prud'hommes. Je les remercie du temps qu’elles ont bien voulu consacrer à la réponse à mes questions. J’ajoute que leurs avis sont totalement concordants. Ils me conduisent à penser que la mairie outrepasse ses droits, et que ses demandes risquent fortement de mettre des parents d’élèves dans une situation compliquée.

En lien et premier point, l’employeur n’est en aucun cas tenu de délivrer une attestation de non recours au télétravail. Il n’y a pas d’obligation légale à cela. L’employeur peut le faire, comme il peut le refuser*. Soyons un peu sérieux d’ailleurs. Considérant que les dispositions actuelles imposent 3 jours de télé-travail par semaine, et considérant que certaines entreprises refusent la mise en œuvre de cette disposition à leur personnel (alors qu’elles le pourraient), comment voulez-vous qu’un employeur atteste d’un non télétravail ? Un tel document mettrait en évidence son comportement contraire aux dispositions gouvernementales. Cela reviendrait à se tirer une balle dans le pied en avouant de facto ne pas respecter les directives.

Deuxième point, même si on télé-travaille, on reste à la « disposition de l’employeur » et on doit se conformer à des règles de temps de travail, avec des plages horaires précises. Pas question de sortir faire une course, son footing, ou même faire son ménage à la maison. Si on considère une journée moyenne de 7h45 de temps de travail avec une pause méridienne de 45 minutes, cela fait qu’une personne commençant à 07h30 ne finira qu’à 16h00, ou qu’une personne commençant à 09h00 ne finira qu’à 17h30. Dans un cas comme dans l’autre, il faudra pouvoir bénéficier d’un accueil au périscolaire, soit le matin, soit le soir. Étrange demande de la mairie, donc, qui me fait penser qu’un certain nombre d’élus Forgeois n’ont pas l’expérience du télétravail...

Dernier point, non juridique cette fois, la commune ne peut pas, moralement parlant, demander à ses administrés des documents que ceux-ci ne peuvent pas légalement fournir pour bénéficier d’un service communal. Je reconnais que la situation est tendue en raison de l’épidémie de CoViD et particulièrement de la vague liée au variant Omicron. Mais plutôt que de « punir » les parents, d’autres solutions à l’échelle municipales existent. Les élus peuvent prendre le relais, a minima, si ce n’est déjà fait. Il est aussi possible de demander à des Forgeoises et Forgeois de donner un coup de main, moyennant la résolution de l’importante question assurantielle. Des communes voisines le font. A titre personnel, je pourrais trouver au moins une dizaine, voire une douzaine de bénévoles qui auraient été prêts à s’investir pour cela. Problème, la plupart sont des membres d’associations très maltraitées par l’actuelle municipalité. Difficile dans ce cas de motiver ces personnes qui n’ont connu, de la part des élus actuels, que moqueries, mépris voire pour certains, propos grossiers. Il est plus que temps que les élus majoritaires de Forges considèrent les associations comme des richesses, et plus comme des centres de dépenses, ou des simili-entreprises dont la seule finalité serait de faire du profit. On a le droit de rêver, non ?

* Note ajoutée le 13 janvier :

En accord avec ce que j'écrivais, un lecteur du blog me signale avoir demandé l'attestation souhaitée par la mairie au responsable des ressources humaines de son secteur. Réponse : je ne peux pas signer des centaines d'attestation de ce type !  

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Classe fermée en Indre-et-Loire - © Guillaume Bonnefont/IPE/MaxPPP

https://france3-regions.francetvinfo.fr/centre-val-de-loire/indre-loire/indre-loire-classes-creche-accueil-periscolaire-fermes-cause-cas-coronavirus-1869758.html  

POURQUOI l'ÉMERGENCE D'OMICRON N’EST PAS UNE SI MAUVAISE NOUVELLE ?

Le blog reprend son activité après quelques jours de congés avec un nouvel article sur le virus SARS-CoV2. Drôle de façon de commencer l’année direz-vous, pas très originale non plus. Sans doute. Néanmoins, je souhaitais apporter quelques éléments d’optimisme en regard de la pandémie et des inquiétudes que suscitent ce nouveau variant et sa dispersion massive.

Tout en restant encore prudent, il semblerait bien, comme l’indiquaient des informations préliminaires, que le variant omicron soit moins virulent que les variants précédents, tout en étant plus contagieux. Si ces propriétés du virus se confirmaient au cours du temps, celles-ci pourraient constituer des informations importantes en termes d’évolution virale. Pour comprendre ceci j’ai besoin de faire appel, avec mes excuses pour l’utilisation d’anglicismes, à 3 notions d’écologie : la fitness, le trade-off (ou compromis) et le cul-de-sac évolutif.

Avant d’expliquer ces 3 notions, il est bon de rappeler le principe général d’évolution. Chaque reproduction d’un être vivant, quel qu’il soit, s’accompagne de processus de mutations et de brassage génétique dans le cas de la reproduction sexuée. Il en résulte, dans la descendance, l’apparition de nouveaux caractères, variables d’un individu de la descendance à l’autre, dont « l’intérêt » pour l’individu dépendra des conditions environnementales. Ces conditions constituent le crible qui conduira à la sélection des individus les plus adaptés à l’environnement qui se multiplieront à leur tour (voir schéma récapitulatif ci-dessus). Ceci me permet d'aborder ici la notion de fitness, parfois appelée valeur sélective. La fitness d’un individu peut être estimée par le nombre de ses descendants, qui, parce que mieux adaptés à l’environnement, atteindront à terme la maturité sexuelle. Cette notion s’applique aussi aux organismes se reproduisant de façon non sexuée, leur fitness correspondant cette fois-ci à leur capacité à se multiplier efficacement en produisant le plus grand nombre de descendants. 

Dans le schéma que je décris ci-dessus, il apparaît que le variant omicron pourrait être bien mieux adapté que le variant delta à l’environnement actuel, puisqu’il est en train de prendre, à peu près partout dans le monde, la place de ce variant. En termes d’évolution, ce nouveau variant semble donc disposer d’une valeur adaptative supérieure à celle du variant delta. Je n’ai aucune information permettant d'expliquer cette observation. Des hypothèses peuvent cependant être émises. Cette fitness supérieure pourrait s’expliquer par des changements de conformation des protéines à la surface du virus facilitant son entrée dans les cellules, par le fait qu’il rencontre une population maintenant majoritairement vaccinée plus résistante à delta, ou par le fait qu’il résisterait mieux et plus longtemps à la dessiccation dans les gouttelettes de salive qui permet sa propagation. Cette liste de propositions est bien sûr non limitative ; bien d’autres explications sont envisageables.

Le point le plus intéressant dans cette nouvelle émergence de variant réside dans le fait qu’il semble moins virulent que les variants précédents et moins virulent que le virus d’origine. Sans que je puisse l’affirmer sur la base d’éléments scientifiques avérés, il se pourrait que cette observation relève du phénomène de trade-off (ou compromis évolutif) que j’évoquais plus tôt. Pour simplifier, ce phénomène décrit une situation dans laquelle on observe dans la descendance d’un individu la diminution voire la perte d’un caractère, que ce soit de façon qualitative ou quantitative, en échange d’un gain d’autres caractères, dont certains peuvent déterminer une fitness accrue. Notons qu’en termes d’évolution, il ne s’agit pas d’un choix d’une espèce d’un individu, mais simplement de la simple application du principe de sélection par l’environnement. Mon hypothèse, car à ce stade il ne s’agit que d’une hypothèse, est que l’accroissement du pouvoir contaminant du virus s’accompagne, dans le cadre d’un processus de compromis, de la réduction de virulence. En accord avec ce point de vue, l'objectif évolutif du virus est avant tout de se propager. Un virus hautement virulent, qui tuerait très vite son hôte, pourrait en réalité perdre sa capacité à se propager efficacement. Le virus doit donc, pour subsister, trouver un équilibre entre virulence et pouvoir de dissémination.  

Bien que nous soyons là encore dans le domaine de la spéculation, si tel était le cas, le variant omicron pourrait alors constituer, troisième notion à expliquer, un cul-de-sac évolutif. Cette notion avait été évoquée pour la reproduction par autofécondation relativement commune chez les plantes et les animaux hermaphrodites. Bien que ce processus de reproduction présente des avantages de court terme lorsqu’on le compare à la reproduction sexuée, des travaux relativement récents d’ex-collègues montpelliérains portant sur des lignées d’escargots d’eau douce hermaphrodites révèlent que ces individus réagissent moins vite à la pression de sélection que ceux qui se reproduisent par fécondation croisée. Dans le cas des variants omicron et delta, le fait que le premier nommé semble présenter une meilleure valeur adaptative pourrait conduire à la disparition du variant delta, ou de ses ascendants, bien plus pathogènes. Or, omicron possède une meilleure fitness : il sera donc plus efficace que delta en termes de contamination. Si rien ne change, le retour en arrière ne sera pas possible, d'où le cul-de-sac évolutif. L’hypothèse optimiste que l’on peut faire à ce stade est que tout nouveau variant qui présenterait une fitness accrue par rapport au variant oméga serait contraint également, par le biais du phénomène de trade-off, « d’échanger » son caractère de propagation accrue contre la perte encore plus marquée de sa virulence. Attention cependant, il ne s’agit que d’une hypothèse, et rien, absolument rien, ne permet d’affirmer que tel sera le cas. On pourrait même, hypothèse pessimiste, proposer que le prochain variant regagne une partie de sa virulence perdue. Il ne reste pas moins vrai que pour le moment, l’émergence d’omicron n’est pas une si mauvaise nouvelle...


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Adapté de :

Hussain A., Shad Muhammad Y. Trade-off between exploration and exploitation with genetic algorithm using a novel selection operator. Complex & Intelligent Systems 6, 1–14 (2020).

https://link.springer.com/article/10.1007/s40747-019-0102-7

VARIANT OMICRON :PLUS D’INCERTITUDES QUE DE CERTITUDES

A moins d’être privé de radio, télévision, et de lecture de la presse, il est difficile d’avoir échappé aux annonces de l’émergence d’un nouveau variant du virus SARS-CoV2, le variant omicron. Cette émergence inquiète, à juste titre, et il m’a donc semblé important de faire le point sur les dernières données scientifiques le concernant. Pour cela, j’ai criblé ce jour la presse scientifique via le site bibliographique PubMed.

Omicron est un nouveau variant du virus SARS-CoV2, apparu en Afrique du Sud en novembre 2021 et présent dans (au moins) 57 pays (1). Ce variant est caractérisé par l’existence d’une cinquantaine de mutations de toutes sortes, dont 30 induisent des changements de séquence de la protéine dite Spike (1,2). Cette protéine, située à l’extérieure de la particule virale, permet son entrée dans les cellules humaines. Elle est également la cible de la grande majorité des vaccins utilisés dans le monde en prévention de développement de formes graves de la COViD19.

Trois questions importantes en termes de santé publique se posent : Omicron est-il plus contaminant que l’actuel variant delta ? Omicron risque-t-il d’échapper à la stratégie vaccinale en place ? Et Omicron induit-il des formes plus graves de la maladie ? La réponse à la première question est « possiblement ». Ainsi, au Royaume Uni, la fréquence de « détection » d’Omicron dans les tests PCR augmente rapidement (2). De même, ce variant est de plus en plus souvent détecté dans les événements de contamination de groupe. À Oslo, 19 des 120 personnes contaminées lors d’une fête étaient positives à Omicron, et au Danemark, ce sont 53 des 150 élèves d’un collège qui ont participé à un événement collectif qui ont été testés positifs à Omicron. Comme le dit le Dr. Kristian Andersen, chercheur en maladies infectieuses à Scripps Research « tout cela ne prouve pas [formellement] qu’il est plus transmissible [...] mais puisque Omicron est globalement rare, le fait de le trouver associé à des événements super-contaminants est réellement inquiétant » (2). Cet avis est confirmé par les observations faites aux Royaume-Uni où il apparaît que ce variant se propage plus vite que n’importe quel autre variant connu. Le secrétaire d’État à la santé, M. Sajid Javid, disait d’ailleurs : « nous estimons que le « temps de doublement » de sa détection est de l’ordre de deux jours et demi à trois jours, ce qui signifie qu’à ce rythme, nous pourrions avoir à la fin du mois [de décembre] un million d’infections dans la population du Royaume Uni » (1). Cet avis est cohérent avec les modélisations 3D des protéines et les calculs fait par une approche de type « intelligence artificielle » par un groupe de recherche basé au Michigan, qui suggèrent que le nouveau variant pourrait être jusqu’à 10 fois plus contaminant que le SARS-CoV2 d’origine et 2 fois plus que le variant Delta (3). Ce travail doit cependant être relu par un comité de lecture scientifique et confirmé par d'autres chercheurs. Sur cette question, nous en sommes donc encore à des travaux préliminaires nécessitant validation.

La question principale à ce jour est donc : quels sont les risques d’échappement de ce variant en regard de la stratégie vaccinale en place ? Une première micro-étude portant sur 12 personnes en Afrique du Sud avait montré que l’efficacité du vaccin Pfizer-BioNTech pourrait être réduite, avec un niveau de neutralisation du virus par les anticorps environ 40 fois inférieur à ce qu’il est avec le variant Delta (1). Les travaux du laboratoire Pfizer vont d’ailleurs dans le même sens en révélant une perte d’efficacité de neutralisation de 25 fois environ. Attention toutefois, ces chiffres qui paraissent élevés pour un non-spécialiste ne signifient en aucun cas que la protection vaccinale s’effondrera. Ils disent simplement que l’affinité des anticorps générés par la vaccination est 25 à 40 fois plus faible pour le variant Omicron qu'elle ne l'est pour Delta (3). Une étude très récente confirme l’efficacité de neutralisation réduite des anticorps issus de sérums par rapport au variant delta, de 8 fois et demi environ (4). Mais comme l’organisme produit des « montagnes » d’anticorps, cette réduction d’affinité pourrait se traduire in fine par une faible perte d’efficacité vaccinale. D’autant que la neutralisation du virus s’effectue dans notre organisme par deux voies, la voie humorale (ou circulante), largement dépendante des anticorps produits par les lymphocytes B, et une voie cellulaire mettant en jeu un nombre de réactions complexes et d’interactions entre différents types de lymphocytes. Cette voie, aussi stimulée par la vaccination, jouerait de plus un rôle majeur dans la réponse à l’agression du coronavirus, et donc dans la sévérité des symptômes observés dans le cas de la CoViD19 (5). Cette réduction de l’efficacité des anticorps a été confirmée dans l’étude des chercheurs américains du Michigan, déjà citée, qui suggère que les vaccins pourraient être 2 fois moins efficaces vis à vis du nouveau variant, par rapport au variant Delta. L’inquiétude porte donc sur une perte d’efficacité des vaccins qui activent les deux voies de l’immunité mais aussi sur la perte d’efficacité des traitements anti-CoViD19, à base d’anticorps (3). Quelle est la gravité de la question ? Comme le dit le Dr. Justin Lessler, épidémiologiste à l’Université de Caroline du Nord à Chapel Hill « l’importance du problème ne dépendra que de savoir si les vaccinations et les infections passées protégeront des formes graves de la maladie ». A ce stade, donc pas de certitude.

Reste effectivement la question de la gravité des infections à variant Omicron. Là aussi pas de certitude mais des indications peut-être plus rassurantes. Ainsi, le taux d’occupation des lits en soins intensifs entre le 14 novembre et le 4 décembre 2021 en Afrique du Sud, pays fortement touché par le variant, ressort à 6,3%, ce que l’organisation mondiale de la santé décrit comme un taux « très bas » comparé à ce qu’il était à la même période l’année passée, alors que le pays était en plein pic du variant Delta (1). Dans ce pays on observe, semble-t-il, plus de formes modérées que précédemment, même si, comme le disent les médecins hospitaliers « notre hypothèse de travail reste que les syndromes associés à ce variant sont les mêmes que ceux associés aux autres variant ». Sage précaution, car même si il se confirmait que le variant était moins virulent, le fait qu’il soit plus contaminant, et que plus de personnes soient malades, pourrait quand même conduire à une saturation des services de santé, en particulier en réanimation. Comme le dit le Dr. Mads Albertsen de l’Université d’Aalborg au Danemark, « un faible pourcentage d'un grand nombre reste un grand nombre » (2).

Au delà de cet examen des dernières données de la littérature scientifique, l’émergence de ce nouveau variant remet elle en cause la stratégie vaccinale ? Certainement pas, mais il s’agit là d’un avis personnel fondé néanmoins sur le fait que même réduite, toute protection vaccinale contre la maladie est « bonne à prendre ». De plus, la technologie ARN messager permet d’envisager le développement de vaccins adaptés au nouveau variant dans des délais très raisonnables (une centaine de jours avant essais), et possiblement de multi-vaccins dirigées contre les différents variants viraux, à l’image de ce qui se fait pour la vaccination anti-grippale. Plusieurs entreprises ont d'ailleurs déjà commencé à développer ces vaccins (6). Néanmoins, et il s'agit là toujours d'un avis personnel, la vaccination, si elle nécessaire, n'est pas suffisante à ce stade pour contrôler la pandémie. 

Enfin, et j’y reviendrai dans un autre article, il n’est pas impossible que ce dernier avatar du coronavirus SARS-CoV2 soit un cul de sac évolutif. J’aborderai cette notion et d’autres, si j’en ai le temps, dans un prochain article. Comme je le disais en introduction, aujourd'hui nous avons plus de questions, d’incertitudes, que de certitudes. Raison de plus pour continuer - sans paniquer - à appliquer les gestes simples tels que port du masque dans les rassemblements et endroits clos recevant du public, ventilation des locaux et lavage des mains réguliers.


Références :

1. Elisabeth Mahase. Covid-19: Do vaccines work against omicron—and other questions answered. The British Medical Journal, 10 décembre 2021.
Consultable en ligne :
doi: https://doi.org/10.1136/bmj.n3062

2. Kai Kupferschmidt, Gretchen Vogel. How bad is Omicron? Some clues are emerging, and they’re not encouraging. Science, 7 décembre 2021.
Consultable en ligne :
doi: 10.1126/science.acx9782

3. Jiahui Chen et coll. Omicron (B.1.1.529): Infectivity, vaccine breakthrough, and antibody resistance. ArXiv. Preprint, 1er décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8647651/

4. Li Zhang et call. The significant immune escape of pseudotyped SARS-CoV-2 variant Omicron. Emerging Microbes & Infections, 10 décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2021.2017757

5. Carolyn R. Moderbacher et coll. Antigen-specific adaptive immunity to SARS-CoV-2 in acute COVID-19 and associations with age and disease severity. Cell, 12 novembre 2020.
Consultable en ligne :
https://urlz.fr/gYnN

6. Elie Dolgin. Omicron is supercharging the COVID vaccine booster debate. Nature, 2 décembre 2021.
Consultable en ligne :
https://www.nature.com/articles/d41586-021-03592-2


Crédit illustration :

Ana Kova.
Nature. Référence 6, ci-dessus.

IL N’Y AURA PROBABLEMENT PAS D’ÉPIDÉMIE D’EBOLA EN FRANCE

Certains prophètes du malheur, du genre collapsologistes, nous prédisent qu’en sus de l’épidémie de CoViD-19, nos pays seront prochainement touchés par la fameuse fièvre hémorragique africaine. Je ne le pense pas et j’explique pourquoi.

Plusieurs raisons permettent d’envisager que la survenue d’une épidémie de fièvre hémorragiques en Europe est hautement improbable. Avant de les présenter, je précise cependant que je pense que l’apparition d’autres épidémies à coronavirus sont, elles, possibles. Certaines pourraient d’ailleurs être bien plus mortelles que l’actuel épidémie de CoViD-19. Je me fonde pour dire cela sur la parenté de l’actuel coronavirus, le SARS-COV2, avec le SARS-COV-1, agent du SARS ou syndrome respiratoire aigu sévère. Le SARS a causé en 2002 et 2003 environ 800 décès dans le monde. Si le taux de létalité moyen de la CoViD-19 est de l’ordre de 2 à 3%, toutes catégories de population confondues, il peut atteindre 18% pour les plus de 65 ans, ce taux augmentant encore avec l’âge. Pour le SARS, le taux de létalité global est de 10 à 15 % et il peut dépasser 50 % chez les personnes de plus de 65 ans (1). Ces deux coronavirus se transmettent d’homme à homme de la même façon, par voie aérienne, principalement par des gouttelettes de salive contaminées. On peut également citer le cas du MERS, syndrome respiratoire du Moyen-Orient, lui aussi causé par un coronavirus, le MERS-CoV. La maladie a affecté 1219 personnes, dont 449 sont décédées, soit un taux de létalité moyen de 37% (2). Cette maladie est contenue, heureusement, car il n’existe pas encore de vaccin, même si des résultats encourageants ont été obtenus en 2020 sur des singes, et même si on peut espérer que les progrès des technologies ARN devraient nous fournir des candidats vaccins rapidement. Il est à noter que ces trois épidémies sont causées par des coronavirus, deux d’entre eux, les SARS-COV1 et COV2 présentant des très fortes similarités avec des virus de chauves-souris, d’où leur origine supposée. Le MERS-CoV ressemble, lui, à un virus du dromadaire. Dans les trois cas, le passage de l’animal à l’homme est supposé résulter de la fréquentation de marché d'animaux vivants (SRAS et CoViD-19), ou de la consommation de lait et de fromage crus, ou du contact avec les excréments de ces animaux (MERS).

La fièvre hémorragique Ebola fait aussi très peur à certains en raison des forts taux de létalité constatés en Afrique (de 30 à 90% environ selon les régions et les souches) et en raison de l’absence supposée de traitement. Cette maladie fait partie du groupe des fièvres hémorragiques causées par une famille de virus non apparentés au coronavirus (bien que virus à ARN), les filoviridae. Un des ces virus, appelé virus Marburg, anciennement virus de la maladie du singe vert, pose également des problèmes en Afrique, où il a été responsable de plusieurs épidémies locales présentant un taux de létalité à peine inférieur au virus Ebola. Comme celui-ci, tous deux ont pour hôte naturel une chauve-souris, la roussette d'Égypte, la contamination humaine résultant de la fréquentation des grottes ou réside cet animal par des Hommes (3), ou de la chasse de singes contaminés par la chauve souris et de leur consommation.

Alors pourquoi pas de risque épidémique majeur en France ? Tout d’abord, ces virus sont très majoritairement localisés en Afrique, en raison de la distribution géographique de leur hôte naturel limité pour le moment à la région sub-sahélienne et de la haute vallée du Nil. Rien ne prouve cependant que cet hôte ne puisse remonter plus au nord, surtout en regard des changements climatiques en cours. De plus, un filoviridae apparenté (le virus Lloviu) a été identifié en Espagne, dans les Asturies, également chez une chauve souris colonisant les régions nord de l’Afrique et sud de l’Europe (4). Malgré la présence humaine dans les grottes où habitent ces chauves souris, aucune maladie associée à ce virus n’a été répertoriée, suggérant que cet agent est non pathogène pour l'Homme. Par ailleurs, le mode de transmission d’Ebola d’Homme à Homme n’est pas aérien, mais résulte de contact avec des fluides de patients (sang, urine, selles et sueur, par contact direct ou par contact avec des surfaces contaminées). La transmission est moins efficace qu'avec un virus à transmission aérienne, d'autant que les patients Ebola ne sont contaminants que lorsqu'ils sont malades et le restent en revanche quelques semaines après leur guérison. La mise en quarantaine des patients et de leurs proches peut donc permettre de circonscrire efficacement l’épidémie. Quant aux soins, même s’il n’existe pas de traitement grand public de la maladie, ceux-ci sont a priori plus faciles d’accès en Europe que dans des régions isolées d’Afrique. Une épidémie aurait donc peu de risque de s’y étendre « car elle y serait plus rapidement circonscrite grâce à l’information, aux infrastructures et aux conditions de soins de santé qui ramèneraient probablement la mortalité sous les 25 % » (5). Confortant ce propos, tous les cas d'Ebola découverts en Europe ont été traités sans aucune contamination des personnels soignants, et sans aucun signe de développement épidémique de la maladie. 

Dernier point : des traitements expérimentaux contre Ebola existent, dont certains mettent en œuvre des anticorps recombinants et ceux-ci ont déjà permis de sauver les vies de tous les patients traités (moins d’une dizaine). L’organisation mondiale de la santé (OMS) a publié il y a quelques années une liste des molécules en cours d’essais (6). L’examen de ces produits montre cependant que la plupart restent d’accès limité voire très limité mais une émergence de la maladie à tendance épidémique en Europe entraînerait sans aucun doute une accélération rapide de la production des molécules à visée thérapeutique. A cet égard, on peut regretter que cela ne soit pas le cas pour l'Afrique ! Enfin, des vaccins ont été développés et certains, en phase III, ont été testés dans les régions africaines à risques. Ces vaccins ne ciblent qu’une ou deux souches de virus Ebola, les plus courantes, mais sont suffisamment actifs pour faire l’objet d’autorisations de mise sur le marché en Europe (2019) et en France (2020). Ainsi, le vaccin vivant atténué (anti-Ebola souche Zaïre), administré en une seule injection, montre une efficacité comprise entre 65% et 100% en prévention de la maladie à virus Ebola, avec des effets indésirables comparables à ceux des autres vaccins injectables de l’adulte (7). Il confère une protection de plusieurs années aux populations vaccinées. Par ailleurs, des essais sont en cours autour de stratégies vaccinales généralistes avec, là aussi des résultats très prometteurs. En particulier, un vaccin recombinant utilisant comme vecteur un adénovirus (vecteur très semblable à celui des vaccins Astra Zeneca contre le SARS-CoV2) semble conférer une immunité croisée contre quasiment toutes les souches de virus Ebola ainsi que contre le virus Marburg évoqué plus haut (8), mais il nécessite d'effectuer des rappels pour être totalement efficace. Tous ces éléments font qu'il n’y a, aujourd’hui, aucune raison de propager des propos qui tendraient à faire croire à une prochaine épidémie d’Ebola en Europe.


Références :

1. Fiche SARS - Institut Pasteur.
Consultable en ligne :
https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/sras

2. Fiche MERS - Institut Pasteur.
Consultable en ligne :
https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/mers-cov

3. Virus Ebola
Wikipédia.
Consultable en ligne :
https://fr.wikipedia.org/wiki/Virus_Ebola

4. Negredo et al. Discovery of an Ebolavirus-Like Filovirus in Europe. PLoS Pathogens. Octobre 2011.
Consultable en ligne :
https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1002304

5. Catherine Solano (médecin).
A propos d'Ebola. passeport santé.
Consultable en ligne :
https://www.passeportsante.net/fr/Maux/Problemes/Fiche.aspx?doc=ebola-l-opinion-de-notre-medecin-a-propos-d-ebola


6. Recommandations transitoires - Traitements et vaccins potentiels contre le virus Ebola. Organisation mondiale de la santé. Novembre 2014.
Consultable en ligne :
https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/145196/WHO_EVD_HIS_EMP_14.1_fre.pdf?sequence=1&isAllowed=y


7. Haute autorité de santé. Vaccin contre le virus Ebola : une avancée majeure en réponse à une urgence de santé publique mondiale. Comuniqué de presse. Mars 2020.
Consultable en ligne :
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3159990/fr/vaccin-contre-le-virus-ebola-une-avancee-majeure-en-reponse-a-une-urgence-de-sante-publique-mondiale

8. Andrew J. Pollard et al. Safety and immunogenicity of a two-dose heterologous Ad26.ZEBOV and MVA-BN-Filo Ebola vaccine regimen in adults in Europe (EBOVAC2): a randomised, observer-blind, participant-blind, placebo-controlled, phase 2 trial. Lancet Infectious Diseases. Avril 2021.

et

Bavarian Nordic. Ebola : MVA-BN Filo. Phase 3 trials.
Consultable en ligne :
https://www.bavarian-nordic.com/pipeline/mva-bn-filo.aspx

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Le courrier international
https://www.courrierinternational.com/article/2014/10/08/ebola-la-contagion-des-esprits

NOUS NE SOMMES PAS EN DICTATURE !

 L'imposition d'une vaccination obligatoire pour les personnels soignants, comme la mise en place d'un passe sanitaire, n'ont strictement rien à voir avec les décisions d'un état totalitaire. Les récentes manifestations dénonçant un soi-disant régime dictatorial dans notre pays s’insupportent donc au plus haut point.

Je dis cela d'autant plus tranquillement que je ne suis en aucun cas un défenseur de l'actuel gouvernement. Je continue de penser que notre président, M. Emmanuel Macron, a été élu suite à une campagne médiatique qui l'a largement favorisé, qu'il est soutenu par le monde des grands groupes financiers et industriels, et qu'il représente donc avant tout les intérêts d'une classe dirigeante dont les préoccupations sont tout, sauf axées vers la solidarité. Je n'oublie pas que, selon lui, les aides sociales « coûtent un pognon de dingue », que les ouvriers licenciés de leur entreprise après des dizaines d'années de fidélité « ... au lieu de foutre le bordel, feraient mieux d'aller regarder s'ils ne peuvent pas avoir des postes », et qu'une gare « c'est un lieu où on croise les gens qui réussissent et ceux qui ne sont rien ». J'y ajoute les propos scandaleux tenus par certains de ses ministres, M. Gérald Darmanin en tête, la mise en examen récente du Garde des Sceaux, Me. Eric Dupont-Moretti, et les soupçons de conflits d'intérêt de nombreux membres du gouvernement ou des proches, dont Ms. Sébastien Lecornu, Jean-Paul Delevoy, Alexis Kohler, pour n'en citer que quelques uns. Rien de tout cela me place donc pas dans la liste des soutiens des marcheurs et de leur leader, mais tout cela confirme que nous ne sommes pas en dictature. C'est en effet parce que je peux écrire ces mots sur mon blog, citer des noms, critiquer librement sans craindre de voir débarquer la gendarmerie, la sécurité intérieure, ou une quelconque milice à ma porte, c'est parce que la justice enquête et condamne les politiques corrompus, y compris les présidents de la République, même si cela est long et compliqué, que nous nous ne vivons pas dans un état totalitaire. Les actuels manifestants s'estimant être des « lanceurs d'alerte » ou des « résistants » feraient donc bien de nuancer leur propos, d'autant que plusieurs d'entre eux ont proféré des menaces de morts contre des élus, des politiques, ou des médecins ayant exprimé leur soutien à la politique vaccinale...

Je n'oublie pas non plus les couacs, pour ne pas dire les errements de nos élites sur la question des masques ou du reconfinement, et la politique délétère menée depuis des lustres envers l'hôpital public. Reste qu'en regard de la vaccination, je soutiens les positions gouvernementales. Sur ce sujet mon avis est très clair : la vaccination est un moyen efficace et globalement sur de prévenir le développement de certaines maladies. Cet avis se fonde sur l'expérience que nous avons acquise sur le sujet, depuis les débuts de cette technique, il y a plus de 220 ans maintenant. En incidente, contrairement à une idée reçue, ce n'est pas Louis Pasteur qui a découvert la vaccination (lui a développé le vaccin contre la rage) mais Edward Jenner, médecin et scientifique britannique, qui le premier a utilisé de façon très artisanale cette technique*, dans sa recherche d'une protection contre la variole. On oublie, puisque cette maladie est maintenant totalement éradiquée, et ce grâce à la vaccination, que la variole était responsable encore au XVIIIeme siècle, de dégâts considérables. La moitié de la population des campagnes était contaminée, et sur cette population malade, entre 20 et 30% des patients décédaient, et une bonne partie de ceux qui en guérissaient se retrouvaient défigurés. Outre le cas emblématique de la variole, maladie ayant aujourd'hui disparu de notre planète, la poliomyélite a été également éradiquée de tous les pays occidentaux depuis 20 ans, grâce à la vaccination, et il en est de même dans de très nombreux pays malgré des campagnes de désinformation menées par des associations aux objectifs louches. Ne reste qu'une vingtaine de pays, dont le Pakistan, l'Afghanistan, le Tchad et le Congo, où une dizaine de cas par an sont détectés.

Les succès vaccinaux sont effectivement nombreux : on pourrait aussi citer le tétanos, dont le vaccin protège à 100% pour autant que les rappels aient été effectués. Ainsi en France on est passé de plus de 1 000 cas par an, souvent mortels, à une dizaine en moyenne, affectant dans 95% des cas des patients non vaccinés ou ayant oublié leur rappel. On pourrait faire le même constat pour la diphtérie (mon premier sujet de stage à l'Institut Pasteur !) ou l'hépatite B (un peu moins d'un million de décès par an dans le monde) dans les pays d'Afrique où la maladie est endémique et souvent transmise de la mère à l'enfant lors de l'accouchement. Pour l'hépatite B, l'efficacité peut être évaluée via la situation américaine où le nombre de cas par année est passé de 25 000 à moins de 2 500 dès lorsque la vaccination infantile a été implémentée. Et là encore, on ne connaît pas toujours la situation vaccinale des malades contaminés.

A partir de ces données, je ne peux que soutenir la proposition d'obligation vaccinale relative à la CoViD19.  Tout d'abord, les vaccins homologués sont, on le sait maintenant que l'on vaccine en masse depuis une année environ, sûrs en regard des risques de court terme. Je rappelle que la population mondiale vaccinée représente à ce jour plus de 2 milliards d'individus (dont 1 ayant reçu deux injections). Un recul de long terme est aussi disponible pour les vaccins utilisant la technologie adénovirale. Certes ce recul manque pour les vaccins à ARN qui constituent une nouveauté, même si ils n'ont pas été développés en moins d'un an comme on l'entend. Cela fait en effet plus d'une dizaine d'années que la mise au point de cette technique est en cours. Mais si la crainte est là et si ce sont la peur de la nouveauté et une mauvaise interprétation du principe de précaution qui l'expliquent, on aurait alors du refuser de passer des IRM au motif que l'on ne connaissait pas les effets de long terme de l'exposition aux champs magnétiques hyper-intenses, ou refuser tout traitement novateur, dont on ne voit tous les bénéfices que des années plus tard...

Bien entendu, pour tous vaccins, des risques d'effets secondaires bénins ou plus graves, existent. Pas un médecin ou un scientifique sérieux ne niera l'existence des risques vaccinaux. Mais la classique analyse risque vs. bénéfice est assez systématiquement (et lourdement) en faveur du vaccin anti SARS-CoV2. Je pense donc que compte tenu de la sévérité épidémique, une vaccination obligatoire de la population, est nécessaire. Elle a aussi à mon sens l'avantage d'être moins « hypocrite » que la mise en place d'un passe sanitaire.  Un mot pour les personnels soignant : alors que ceux-ci ont été - et sont toujours - en première ligne, j'avoue ne pas comprendre la position de ceux qui refusent la vaccination. Je rappelle que plusieurs vaccinations sont obligatoires pour ces personnels, dont la vaccination anti-hépatite B, ce qui a d'ailleurs permis une baisse drastique des cas de cette maladie parmi la population hospitalière. Je trouve néanmoins cette obligation faite aux soignants «‑ stigmatisante », ce qui me renforce dans l'idée de proposer une obligation vaccinale pour l'ensemble de la population générale à risque. Je rappelle là aussi que cette population générale est d'ores et déjà soumise à obligation vaccinale, en France, ou en vu de séjours à l'étranger, particulièrement si l'on se rend en Afrique... Rien de neuf donc sous le soleil et rien de dictatorial là dedans, désolé !

Il resterait à expliquer pourquoi il existe une opposition vaccinale forte, en particulier en France. Les raisons de cette opposition sont diverses, relevant plus de la politique, de la sociologie, de croyances, que de données scientifiquement établies. J'y reviendrai sans doute plus tard, tant cela mérite un article complet. 

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* Jenner avait constaté que les fermières qui trayaient les vaches ne développaient pas la variole. Il avait utilisé comme source vaccinale du pus prélevé d'une pustule d'un animal malade de la variole de la vache, maladie appelée vaccine (d'où le nom vaccin apparu ensuite). Celle-ci est causée par un virus proche de celui de la variole humaine, mais non pathogène pour l'Homme. Avec ce pus prélevé, il avait scarifié le bras d'un patient au moyen d'une branche d'un arbuste épineux dit-on... Succès ! Mais question sécurité expérimentale, c'était clairement : « autres temps, autres moeurs » !

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https://www.blagues-et-dessins.com/tag/blague-port-du-masque

UN CAS DE COVID-19 PARMI LE PERSONNEL PÉRISCOLAIRE

La mairie vient d’informer les parents d’élèves, ce dimanche 16 mai, d'un cas de CoViD-19 signalé au sein du personnel périscolaire par l’ARS qui considérait, dès lors et en raison du fait que ces personnels manipulaient les mêmes objets, qu’ils étaient « cas contact ».

Cette émergence d’un cas parmi le personnel périscolaire et leur positionnement comme cas contact fait donc que ces personnels seront mis à l’isolement et devront se faire tester dans les meilleurs délais, si ce n'est déjà fait. En conséquence, il n’y aura ni accueil périscolaire, ni transport scolaire, ni cantine à Forges dans les jours qui viennent. J’espère qu’aucun des personnels ne sera contaminé, et je souhaite un prompt rétablissement à la personne malade.

La mairie indique que la fermeture du périscolaire et le l’arrêt du transport scolaire relèvent d’une décision de l’ARS. Je n'y crois pas trop... Mais même si c'était vrai, une question me vient à l’esprit. Pourquoi ne pas avoir parlé de ce cas de CoViD-19 plus tôt alors que celui-ci est connu depuis une petite semaine par les personnels de l'école, et au delà ? J'ai, en effet, été informé le 11 mai par une source proche de ces personnels de l'occurrence de ce cas, connu le 10 mai*. J’ai choisi de ne pas donner l’information sur mon blog car vu le sérieux de la situation, il me semblait qu’il convenait de laisser le soin de la communication à la mairie. En lien, ma source m’indiquait que les personnels étaient largement informés de la situation. 

J’ai donc du mal à croire que les responsables de service et la municipalité n’en n’aient rien su, et n'aient pas été informés dès mercredi ou jeudi. J'ai donc du mal à comprendre cette absence de communication avertissant des risques potentiels de fermeture du périscolaire et d’arrêt des transports. Comme on ne prête qu’aux riches, j’ai comme l’impression que ce manque de transparence n’est pas du qu'au seul hasard des calendriers...

* par ailleurs, si comme je l'entends, le délai de 7 jours de quarantaine expire jeudi prochain, ceci signifie que le cas de CoViD-19 était connu dès mercredi dernier.  

Note ajoutée le 17 mai :

Une lectrice m'indique que deux agents du périscolaire auraient été testé positifs voilà au moins une dizaine de jours. Je tente de vérifier cette information, mais sans succès pour le moment. Si cela est vrai, le silence de la municipalité confirmerait bien son manque de transparence généralisé dans la gestion des affaires...

Note ajoutée le 18 mai :

Une autre lectrice me fait parvenir le message suivant, diffusé par la mairie sur un réseau social :

« Bonsoir,

Suite au message pour prévenir de la fermeture des services périscolaires de la mairie.(Si besoin peut-être relire le message)

Pour précisions:

Suite à un agent du périscolaire testé positif, 13 agents ont reçu dimanche 16 mai, un sms les avertissant qu'ils étaient cas contact, alors que tous portent le masque, respectent les gestes barrières etc. Après avoir rassemblé toutes ces infos, la responsable du service périscolaire s'est aperçue qu'il était impossible d'assurer l'ouverture de son service dans ces conditions lundi, mardi et mercredi, l'accueil des enfants du matin et du soir mais également le midi, la cantine, le ramassage scolaire ( certaines Atsem assurent aussi le service du bus le soir avec certains animateurs...). Elle a alors contacté le maire et l'élu au scolaire, qui ont ensuite décidé de prévenir les parents au plus vite via les moyens de communications disponibles dés 16H et continuer de chercher si des solutions étaient possibles ( mercredi le centre de Soucy pourra accueillir exceptionnellement les enfants dans la limite du brassage et des places disponibles) Les services de santé contactés ont donné comme explication le fait que les agents touchaient tous le même matériel donc ceux désignés par l'agent positif considérés comme tous cas contact

Les agents n'ont pas compris pourquoi ils étaient cas contact et pourquoi ils l'apprenaient si tardivement. Ils sont tous isolés .

Pour les parents qui ont du mal à croire que 13 agents aient été contactés un dimanche à 12H30 pour apprendre qu'ils étaient cas contact et sans raison valable compréhensible, je tiens à leur disposition les messages reçus par ceux-ci ( une partie des informations personnelles cachées), s'ils m'en font la demande par mail( ce afin de préserver un peu de vie privée des agents)

Enfin les repas qui ont été commandés n'ont pu être annulés auprès du prestataire et ont été donnés à une association qui intervient auprès des plus démunis, ce afin qu'ils ne soient pas jetés.

En vous remerciant. 

Séverine Martin »

Ce message confirme donc que ce n'est pas l'ARS qui a demandé la fermeture du préscolaire mais le ou la responsable du service. Cette fermeture a donc été décidée ensuite par les élus, mais ceux-ci n'ont pas eu le courage de l'annoncer, alors que c'est pourtant une décision responsable, préférant rejeter la faute sur l'ARS. 

Par ailleurs, je me demande donc pourquoi le message de la mairie annonce finalement une « découverte » du cas dimanche, alors que les services sont fermés jusqu'à mercredi inclus, et que la quarantaine est de 7 jours. Soit le cas était connu plus tôt, soit les services seront fermés toute la semaine... 

On nage en plein flou artistique et dans une opacité totale qui contraste la soi-disant transparence revendiquée par la mairie... 

Note ajoutée le 5 juin :

Il semblerait que l'ARS soit très "remontée" en regard du message des élus de Forges lui "faisant"porter le chapeau... Les propos de Mme. la maire semblent en avoir mécontenté plus d'un dans l'agence régionale...

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https://www.cadremploi.fr/editorial/conseils/droit-du-travail/que-faire-si-je-suis-cas-contact-covid-19-au-travail

QUAND ON VEUT, ON PEUT !

Un court article pour faire suite à mes remarques sur le fait que les conseils municipaux récents de Forges n’ont pas été rendus publics...

De très nombreuses communes françaises, tels que Mulhouse, Ivry, Antony, Dinard, Brest Fleurance, etc. sont parvenus à retransmettre leur conseil durant le confinement en vidéo. A Forges, pas possible ! L’argument présenté par la liste majoritaire est qu’il est impossible pour la commune de retransmettre les séances en visioconférence, au motif que cela coûterait trop cher, le chiffre de 15 000 euros ayant été avancé comme coût de ces retransmissions...

Au delà de la question du coût de la démocratie, je pense tout d'abord que ce chiffre est « bidon »... Et je pense ensuite que l’actuelle majorité n’avait pas très envie que le débat d’orientation budgétaire, comme le vote du budget, bénéficient d’une audience importante, révélant l'impréparation de l'équipe majoritaire face au budget. L’absence de réponse de la liste majoritaire aux questions précise de la minorité sur certains points budgétaires me conforte dans cette opinion.

En accord avec ce sentiment, certaines communes aux moyens plus limités que Forges n’ont pas fait le même choix. Une de mes lectrices me signale le cas de la commune de Dieulefit (3000 habitants) en Drome provençale qui retransmet ses conseils en vidéo et en direct...

Même remarque pour des communes plus proches et bien plus "petites" que Forges, tel Vaugrigneuse (1300 habitants), où les séances du conseil sont également retransmises en vidéo, démontrant que lorsque l’on veut, on peut !

Note ajoutée le 10 mai :

Une autre lectrice du blog me signale que la commune de Limours retransmettait également ses conseils municipaux en vidéoconférence.

SARS-COV2 : COMMENT LE DÉTECTER. III. LA « PCR ».

Dernier volet de l’explication des différents tests disponibles pour la détection du virus, ou de contaminations éventuelles. Dans les deux précédents chapitres, j’ai essayé d’expliquer à quoi servaient et comment fonctionnaient le test antigénique et la recherche d’anticorps antivirus. Dans cet article j’aborde le test dit PCR, dont le vrai nom est qRT-PCR.

A la différence des deux autres tests présentés, le test PCR ne cible ni l’enveloppe du virus, ni la réponse immunitaire du patient. Ce test vise à rechercher des fragments du génome viral, des fragments donc de son matériel génétique, dans un environnement donné. PCR est l’acronyme anglais de « réaction de polymérisation en chaîne ». Comme son nom l’indique, il s‘agit donc, par polymérisation, d’amplifier de l’ADN. Cette technique apparue au milieu des années 1980 a révolutionné la biologie au laboratoire en facilitant le clonage moléculaire, la création de mutants, et l’étude des génomes. Plus proche du grand public, elle est largement utilisée en criminologie pour la recherche des empreintes génétiques, ou dans divers tests génétiques comme certains tests en exclusion de paternité ou de prédisposition à une pathologie. Elle sert aussi au traçage de certaines fraudes alimentaires et à la recherche de pathogènes microbiens quasiment non cultivables, en agronomie. Enfin, en histoire et préhistoire, elle permet de vérifier des filiations, ou d’étudier le régime alimentaire d’animaux ou d’hominidés disparus. Cette liste des utilisations de la PCR ne prétend d’ailleurs pas être exhaustive.



Au plan technique, la méthode repose sur l’utilisation d’une enzyme, une polymérase thermorésistante à ADN, qui possède la capacité de synthétiser de l’ADN à partir d’un copie existante. Il suffit pour cela de lui fournir les briques élémentaires qui constituent l’ADN (les nucléotides) et, condition nécessaire, deux petites amorces d’ADN à partir de laquelle la polymérase va travailler (voir schéma ci-dessus). Dans le cadre de la recherche de virus, ou de tout autre agent pathogène, ces amorces sont des courtes séquences du génome du pathogène, qui, dans le test, s’apparient au génome viral au niveau des régions dont elles sont la « copie miroir », pour simplifier. Cependant recopier une trace d’ADN une seule fois ne donnera qu’une trace ADN à peine plus visible. La force de la PCR est de fonctionner par cycle. Une fois la copie de chaque brin d’ADN effectuée, et par le jeu de changements de température, on provoque la fusion de l’ADN : chacun de ses 2 brins se séparent, et l’on recommence à appareiller les petites amorces de sorte que la polymérase reprenne la synthèse du brin d’ADN manquant… Le nombre de cycles est variable et dépend de très nombreux facteurs. On comprend intuitivement que plus il y a d’ADN amplifiable, moins il faudra de cycles pour observer la présence de cet ADN. Cette propriété permet de quantifier la quantité d’ADN soumise à amplification en incorporant dans l’ADN nouvellement synthétisé un marqueur fluorescent et en mesurant au cours des cycles l’apparition de fluorescence. Cette méthode quantitative s’appelle la qPCR. En termes d’amplification, si l’expérimentateur partait d’une seule copie d’ADN, il en obtiendrait 2 à la fin du premier cycle, 4 au second cycle, etc., et à l’issue des 30 cycles que l’on effectue en moyenne au labo, il obtiendrait plus d’un milliard de copies ! Sur 35 cycles, comme préconisé pour la détection du SARS-CoV2, ce seront plus de 35 milliards de copies néoformées, toujours en prenant l’hypothèse qu’une seule copie d’ADN préexistait dans l’échantillon.

Dans le cas du virus SARS-CoV2 : problème ! Le génome du virus n’est pas composé d’ADN mais d’ARN. Or la polymérase à ADN utilisée en PCR ne fonctionne pas pour amplifier l’ARN. Heureusement, le biologiste a plus d’un tour dans son sac. Il réalise donc pour ce test de détection virale, avant la qPCR, une transformation de l’ARN en ADN, là aussi au moyen d’une enzyme. Celle-ci est appelée transcriptase inverse ou reverse transcriptase en anglais, d’où l’abréviation RT. Pour résumer, la procédure complète consiste donc, à partir d’un prélèvement naso-pharyngé, à extraire l’ARN, à le recopier en ADN, puis à soumettre cet ADN à l’analyse par qPCR.

Les avantages de la technique sont très nombreux, le premier étant sa grande sensibilité et une spécificité forte liée au choix des petites amorces nécessaires aux opérations de synthèse d’ADN. La méthode est versatile et permet également de traiter des échantillons d’origines diverses. On peut ainsi rechercher la présence du virus et en quantifier la concentration par qRT-PCR dans tous les fluides corporels, mais également sur des surfaces (poignées de portes, écrans tactiles, etc.) que l’on peut traiter par écouvillonnage, ou dans des milieux complexes tels les eaux et boues de station d’épuration. Les différents variants peuvent aussi être recherchés en utilisant des amorces spécifiques de ou des mutations qui caractérisent les variants. Les inconvénients de la technique : en premier lieu, celle-ci est assez « pointue » et implique des personnels formés et des conditions de laboratoire, avec un appareillage et des kits relativement coûteux pour la qPCR. Par ailleurs, même si on peut réaliser plusieurs dizaines de tests simultanément sur une machine, la seule réalisation des 35 cycles prend environ 3 heures. Il faut ajouter pour le pré-traitement de l’échantillon et l’opération de transcription inverse encore au minimum 1 à 2 heures. La technique est aussi assez susceptible à la qualité du pré-traitement, de nombreux inhibiteurs de la reverse transcriptase et de la polymérase existant. La technique peut donc générer des « faux négatifs », c’est à dire que des individus pourtant contaminés pourraient être testés négatifs. Elle peut aussi générer des faux positifs. Des amorces du SARS-CoV2 peuvent ainsi en théorie (et parfois en réalité) s’accrocher à « d’autre ADN », générant ces fameux faux positifs... On peut moduler ce risque en utilisant plusieurs jeux d’amorces différents, sachant qu’il serait assez improbable que tous ces jeux induisent tous des faux positifs. Enfin, dernier point, le test ne permet pas de différencier virus infectieux et virus non infectieux. Imaginons qu’une surface ait été contaminée par le virus. Le test en qRT-PCR révélera sans aucun doute la présence de ce virus. On désinfecte par pulvérisation de la surface par une solution hydro-alcoolique par exemple (sans essuyage) et on re-teste par qRT-PCR. Il est plus que probable que le test sera encore positif… Cela bien que pratiquement plus aucune particule virale infectieuse ne subsiste, le mélange eau-alcool ayant complètement détruit la coque du virus.

Le lecteur en saura plus maintenant, je l’espère, sur ces différents tests. Je sais que ce type d’article est parfois compliqué à comprendre en dépit des efforts de clarté que je tente de faire. Si ces questions vous intéressent, ou si vous avez besoin de précisions, il est toujours possible de me contacter en renseignant les cases « pour me contacter », tout en bas à droite des pages de 10 articles, à côté des statistiques de fréquentation.


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Roche Lightcycler 96. Vu sur Peatix.
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https://roche-lightcycler-96-software-mac.peatix.com/