CERTITUDES ET INCERTITUDES AU SUJET DE L’ORIGINE DU SARS-COV2

Je relaye ici les informations fournies par mon collègue Étienne Decroly, directeur de recherche au CNRS, et parues récemment dans le journal de notre bonne maison (1). La question de l’origine du SARS-CoV2 est une des questions centrales dans la pandémie qui affecte actuellement notre planète. Déterminer l’origine du virus pourrait permettre de mieux orienter les recherches visant à développer un vaccin ou des thérapies efficaces. Par une meilleure compréhension des phénomènes qui ont conduit à l’émergence du virus, ces travaux pourraient également permettre d’éviter de nouvelles émergences et de mieux anticiper les conséquences de l’apparition de nouveaux virus.


Grâce aux progrès de la biologie moléculaire, la séquence du virus SARS-CoV2 a pu être rapidement déterminée. La séquence d'un acide nucléique — ADN ou ARN — est la succession des nucléotides qui le constituent. Ces nucléotides, au nombre de 4 dans l’ADN ou l’ARN, sont des molécules liées les unes aux autres, et qui forment, dans le cas de l’ADN la structure bien connue en double hélice. Cette succession de 4 nucléotides symbolisés par les lettres A, T, G et C dans le cas de l’ADN (et A, U, G, et C pour l’ARN) contient l'information génétique de tous les êtres vivants, organisée en unités fonctionnelles que l’on appelle les gènes. Chaque gène contient  des centaines, voire des milliers ou des dizaines de milliers des 4 nucléotides... Il est possible depuis bientôt une trentaine d’années de comparer les différentes séquences de nucléotides des êtres vivants, et d’établir ainsi les proximités existant entre ces êtres. De façon très intuitive et également simplifiée, plus une séquence d’ADN d’un organisme A est proche de celle d’un organisme B, plus ces organismes sont proches au plan évolutif.


Dans le cas du SARS-CoV2 la comparaison de séquences du virus révèle sans aucune ambiguïté sa proximité avec le virus RaTG13 de chauve-souris (96% d’identité entre les séquences virales). Par ailleurs « on ne relève que 79 % d’identité génétique entre SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2, et seulement 50 % en ce qui concerne MERS-CoV » (1). Ceci signifie que le SARS-CoV-2 est plus proche de souches virales de chauve-souris que de virus déjà « acclimatés » à l’homme, et donc qu'il ne dérive pas de ces virus acclimatés.


Une question fondamentale est de comprendre comment le SARS-CoV2, virus de chauve-souris, a pu être transmis à l’Homme ? L’hypothèse généralement admise, parce que démontrée pour d’autres virus animaux qui ont conduit à des épidémies, est celle d’une recombinaison entre différents virus, dont certains susceptibles d’affecter l’Homme, dans un hôte intermédiaire. En recherchant dans la séquence génétique du virus responsable de la maladie celle d’autres virus, dont on connaît l’origine et l’hôte habituel, on peut retracer l’origine évolutive des virus et identifier l’hôte intermédiaire. C’est de cette façon que l’on sait que le redoutable virus MERS-CoV a probablement recombiné avec un virus retrouvé chez le dromadaire. Pour le moment, dans le cas du SARS-CoV2, les travaux de recherche n’ont pas permis de retrouver quel pourraient être cet hôte intermédiaire.


À ce jour, 3 hypothèses sont plausibles pour expliquer l’émergence virale. La première est celle que je viens d’expliquer ci-dessus à savoir la recombinaison du virus de chauve-souris avec un autre virus pour le moment inconnu dans un hôte intermédiaire. L’autre possibilité serait que le SARS-CoV-2 aurait pu infecter à bas bruit et très modérément l'Homme, où il aurait recombiné avec un virus, par exemple un virus respiratoire, déjà bien adapté  à l’être humain et transmissible d'Homme à Homme. Enfin la dernière hypothèse - qui aujourd’hui ne peut pas être éliminée - serait que le SARS-CoV-2 descende « d’un virus de chauves-souris isolé par les scientifiques lors des collectes de virus et qui se serait adapté à d’autres espèces au cours d’études sur des modèles animaux en laboratoire ; laboratoire dont il se serait ensuite échappé accidentellement » (1). Pour éviter toute dérive complotiste, il est important de préciser qu’il n’existe à ce jour aucune preuve scientifique soutenant cette éventualité, même si de tels accidents sont documentés, par exemple dans l’épidémie de grippe de 1977, causée par un virus de type H1N1, l‘agent de la grippe dite espagnole de 1918, isolé en 1950. Cet isolat viral se serait échappé d’un laboratoire. En support de cette hypothèse, la comparaison des séquences du virus H1N1 de 1950 avec celle du H1N1 de 1977 ne révèle aucune différence génétique. Cette absence de mutation permet de réfuter l’hypothèse qui proposerait que ce virus se soit maintenu soit à bas bruit chez l’Homme, soit dans des hôtes non humains pendant 27 ans, puisque toute multiplication virale, même sur un cycle, entraîne apparition de mutations. L’échappement du laboratoire avait été évoqué par un ancien prix Nobel, le professeur Luc Montagnier, avec beaucoup de légèreté. Dans une interview récente, ce dernier indiquait en effet que des séquences du virus HIV, agent responsable du SIDA, avait été détectées dans la séquence du SARS-COV2. Il s’agit cependant de séquences extrêmement courtes pour 3 des 4 séquences détectées. Le consensus scientifique actuel est que la présence de ces séquences HIV est simplement fortuite. En lien, je m’étais amusé à rechercher des courtes séquences de plantes dans la séquence du SARS-CoV2, et en avais trouvé, montrant bien le caractère non significatif de cette présence. De plus ces 3 séquences sont également présentes dans d'autres coronavirus, isolés avant l’émergence du SARS-CoV2.


La 4ème séquence pose néanmoins une question intéressante car son occurrence est spécifique du SARS-CoV2. De plus, sa présence modifie un des composants extérieurs du virus, ce qui pourrait expliquer la transmissibilité d’Homme à Homme de ce dernier. A ce stade, on ne peut formellement rejeter qu’une une telle modification pourrait être d’origine humaine, et qu’elle aurait pu se produire « au labo » dans le cadre du développement de nouveaux vaccins par exemple. Il serait éventuellement possible de détecter des traces de manipulation génétique par des analyses extrêmement fines et poussées de la séquence, analyses qui sont très probablement en cours dans différents laboratoires. À ce jour cependant, il n’existe pas non plus de preuve formelle révélant une origine expérimentale et une libération accidentelle du virus à partir d’un laboratoire. Plusieurs articles sur ce sujet ont d’ailleurs déjà été publiés, ne révélant aucune trace de manipulation. Il reste donc clair que le SARS-CoV2 est bien majoritairement un virus d’origine animale mais les mécanismes de recombinaison qui ont permis son émergence sont encore incompris. La conclusion appartient à mon ancien collègue Étienne Decroly qui précise : « L’éventuelle découverte de virus animaux présentant une très forte similarité avec SARS-CoV-2 fournirait un élément décisif pour valider son origine naturelle » (1). Affaire à suivre donc.


Références

Yaroslav Pigenet. La question de l'origine du SARS-CoV-2 se pose sérieusement. Le Journal du CNRS. Octobre 2020.


Crédit photo

Institut Pasteur et AFP, repris dans Futura Science.
https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-sars-cov-2-serait-melange-coronavirus-pangolin-chauve-souris-79290/